生技新藥產業發展條例雖然三讀立法，得以享受法人股東投資抵減，但財政部表示，根據所得基本稅額條例的規定，仍要適用最低稅負，意即如果盈餘的稅負超過一○％以上，只能抵減到一○％為止。
財政部本來以為生技新藥享受租稅減免，根據最低稅負規定，要「公告」之後，才會受最低稅負約束，但後來發現，生技新藥享受的是法人投資抵減，而不是五年免稅，只有五年免稅的所得，才需要經公告，才能納進最低稅負，享受股東投資抵減的話，則根據所得基本稅額條例第四條的規定，直接納入規範，最多只能抵減到一○％為止。
自從立法院三讀通過生技新藥產業發展條例之後，享受租稅優惠，市場視為超級利多，生技類股的股票就一直大漲。但其實依最低稅負的規定，生技新藥公司依舊不能減稅減到半毛錢都不繳，只要開始賺錢，就要繳稅。
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