秋冬是呼吸道病毒流行期，近期通報顯示呼吸道融合病毒、流感、肺炎鏈球菌開始傳染，如加上新冠病毒，這「3病1菌」的流行，將使得國內醫療量能出現隱憂。疾管署副署長、指揮中心發言人莊人祥表示，從實驗室通報系統的趨勢來看，社區主要流行病毒，第1名是新冠病毒，第2多的是流感病毒，共通報109人；第3名是肺炎鏈球菌；最後是副流感病毒原本上升又開始下降；不過呼吸道融合病毒（RSV）上升速度最快。

中央流行疫情指揮中心公布近日有1名與莫德納次世代疫苗相關的死亡個案。莫德納次世代疫苗在9月24日開打至今，與次世代疫苗相關的事件，共有5例死亡以及5例其它嚴重事件。

中央流行疫情指揮中心今（5）日表示，18歲到49歲的民眾，皆可接種莫德納次世代雙價疫苗。指揮中心指揮官王必勝表示，18歲到49歲族群約有930萬人，排除近期確診者，有7百多萬人可以打。現在仍有280萬劑疫苗，接種踴躍的話會隨時進貨。王必勝表示，「有鑑於青年行動力強，決定提早開放次世代疫苗，且疫苗足夠，希望大家踴躍施打。」

第2階段的次世代疫苗在10月3日開打，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥表示，開打至今僅1週時間，打氣需繼續觀察。同時不少人建議及早開始規劃第3階段，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥只說需繼續觀察。指揮中心表示，次世代疫苗第1階段為65歲以上長者，而第2階段開放對象有醫事人員、機場港埠、居家檢疫相關工作人員及航空機組員或船員、機構與社福照護系統相關工作人員、50至64歲成人以及18歲以上因外交、公務、洽商等工作需求需出國者。

昨（19）日公布國內有4例BA.4.6個案，醫療應變組副組長羅一鈞表示，這4例BA.4.6個案都是輕症，國際報告也沒看到針對BA.4.6提到較為嚴重的研究。國際間關注的除了BA.5以外，BA.4.6與BA.2.75全數屬於輕症化。是否造成雙主流，BA.4.6雖傳播力比BA.5高，但BA.4.6在英美的佔比偏低，能不能超過BA.5還要再觀察。過去BA.2.75曾傳出會蓋過BA.5，但全球主流株還是BA.2近期還有2到3個月的時間會居於主流。未來可能演化出更強的變異株，必須觀察是否有更多變異株出現。

中央流行疫情指揮中心今（16）日表示，今（2022）年採購之第1批Moderna次世代雙價疫苗80.4萬劑，將於今日晚間抵達桃園國際機場，預計9月24日起配送各縣市政府，優先提供65歲以上長者、長照機構住民及18歲以上免疫不全及免疫力低下者接種追加劑使用。

中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥說明細節：次世代疫苗到貨後將分為兩階段施打，第1階段以64歲以上長者與長照機構住民，以及18歲以上免疫不全者；第2階段以機場檢疫人員，機組員等「高接觸風險族群」以及50歲到64歲成人，以及因工作需求要出國的人。

次世代疫苗EUA正在審視中，食藥署長吳秀梅承諾近日會開始審查。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝表示，預計9月2日開始審查，5日在ACIP會議中討論如何施打，最後與廠商談交貨期程，預估9月底到貨。