隨著10月13日邊境解封，大開國門迎遊客，生活走向正常化，各界對於指揮中心何時解隔一事熱烈討論。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝今（30）日表示，這需要行政院評估決定，不是只看確診數字。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝表示，指揮中心的退場或降級有4大前提：疫情的狀況（包含確診數、中重症人數）；有沒有新的變種病毒；Covid-19流感化程度是否達到已可放心的狀況；最後是監測工作的常態化，視同流感監測模式。王必勝表示，這些條件都達到了就可以降級或解散。

中央流行疫情指揮中心今（29）日表示，今（2022）年採購之第4批莫德納（Moderna）次世代雙價疫苗60.5萬劑，已於今日上午抵達桃園國際機場，完成通關程序後，直接運送至指定冷儲物流中心進行後續檢驗封緘作業，再提供衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組ACIP專家會議建議之優先對象接種追加劑使用。本批效期至2023年3月30日。

日前指揮中心宣布公費流感疫苗將在10月1日開放接種，同時提醒如果還沒接種完成新冠肺炎疫苗，不論式基礎劑或追加劑，都可同時接種，還可兩隻手同時接種，加強免疫力，也更加省時。台北市與新北市都宣布開始預約，提醒符合資格著前往接種。

中央流行疫情指揮中心今（28）日表示，10月3日起將開放第2階段對象追加接種莫德納（Moderna）次世代雙價疫苗，需要與最後1劑基礎劑、基礎追加劑或前1劑追加劑應間隔至少12週（84天）。指揮中心指揮官王必勝表示，第2階段開放對象如下：醫事人員；機場港埠、居家檢疫相關工作人員及航空機組員、船員、機構與社福照護系統相關工作人員；50至64歲成人；18歲以上因外交、公務、洽商等工作需求需出國者。

有部分人接種過mRNA疫苗後被劇烈的發燒等副作用嚇著，而未再持續接種疫苗追加劑，隨著次蛋白疫苗Novavax已經到貨2批次，12到17歲青少年將從9月30日開放接種，衛福部傳染病防治諮詢小組ACIP召集人，台大醫院醫師李秉穎表示，如果擔憂不良反應，可考慮接種Novavax。

中央流行疫情指揮中心統計，到2022年9月止，政府自購5351萬劑各廠牌疫苗，有350萬劑、約6.5%疫苗過期報銷，價值大約約12億元；其中高端疫苗報銷5億元居冠。今（26）日指揮官王必勝表示，為提供國人充足疫苗，一定會有疫苗屆效。

中央流行疫情指揮中心在（25）今日新增3萬8785例本土個案、223例中重症個案、34例死亡。指揮中心發言人莊人祥表示，從上周2起，單日新增病例數都比前1周同期稍微下降，且上周整體病例數較前1周減少3%，高原期應落在9月1日至17日，高原期通常持續1至2周，接下來將觀察何時脫離高原期。 莊人祥表示，今天新增34例死亡個案為14例男性、20例女性，年齡介於30 多歲至90多歲以上，其中32例具慢性病史、27例未接種3劑以上疫苗。確診日介於8月21日至9月22日，死亡日期介於9月12日至9月22日。

中央流行疫情指揮中心今（22）日表示，透過COVAX機制獲配的第2批Novavax疫苗50.4萬劑，已於今日上午抵達桃園國際機場，完成通關程序後，直接運送至指定冷儲物流中心進行後續檢驗封緘作業，再提供12歲以上民眾接種基礎劑、基礎加強劑及追加劑使用。本批預計在9月30日開始配送，效期至2022年12月31日。