秋冬是呼吸道病毒流行期，近期通報顯示呼吸道融合病毒、流感、肺炎鏈球菌開始傳染，如加上新冠病毒，這「3病1菌」的流行，將使得國內醫療量能出現隱憂。疾管署副署長、指揮中心發言人莊人祥表示，從實驗室通報系統的趨勢來看，社區主要流行病毒，第1名是新冠病毒，第2多的是流感病毒，共通報109人；第3名是肺炎鏈球菌；最後是副流感病毒原本上升又開始下降；不過呼吸道融合病毒（RSV）上升速度最快。

依疾管署監測資料顯示，我國整體愛滋疫情自2018年起呈下降趨勢，今（2022）年截至9月，累積通報數計43,052人，本國籍愛滋感染者新增通報796人，與2021年同期新增通報947人相比下降16%。同時疾管署發現，今年女性新增通報人數雖佔比低，但卻有增加趨勢，今年截至9月，本國籍女性感染者新增通報33名，與2021年、2020年同期分別新增8人、6人，增加32%、22%。有約40%的女性感染者於通報感染愛滋的3個月內通報後天免疫不全缺乏症候群（AIDS）發病，代表已延遲就醫診斷。

冬季即將到來，不少醫師擔憂3病1菌（新冠病毒、流感病毒、呼吸道融合病毒、肺炎鏈球菌）造成醫療量能緊繃；疾管署呼籲65歲以上民眾接種肺炎鏈球菌疫苗，提高身體保護力。疾管署表示，感染肺炎鏈球菌，常引起多種侵襲性病症，主要包括敗血症、肺炎、腦膜炎、關節炎及心包膜炎等。

疾管署今（19）日公布今（2022）年國內首例百日咳確定病例，為北部10多歲男性，已接種5劑五合一相關疫苗，於9月20日出現喉嚨痛、咳嗽、發燒且胸痛、頭痛症狀，9月20至10月4日間陸續就醫，因症狀持續未改善，10月6日收治住院，採檢通報後於10月18日確診，目前個案症狀已改善且病況穩定，持續住院治療中。

中央流行疫情指揮中心今（19）日表示，考量國內邊境管制措施逐漸放寬，國際間各式交流需求日益增加，且入境部分國家，如有符合該國指定疫苗廠牌及劑數之接種紀錄，可豁免入境後之檢疫、隔離措施或取代檢驗陰性證明，經綜合評估後，指揮中心宣布自即日起，提供已接種高端疫苗有出國需求的民眾，可接種我國核准專案輸入之COVID-19疫苗。

高端疫苗採購爭議尚未止息，近日網路上出現高端疫苗單價偏高以及逾期交貨卻未付罰金等爭議。在今（17）日的中央流行疫情指揮中心記者會上，指揮官王必勝再次提出5點澄清。

疾管署在今（14）日公布首例流感重症死亡個案，為90多歲婦女。台大醫院醫師黃立民示警，今年流感流行期提早開始，病毒株為A型H3N2；另外呼吸道融合病毒也正在升溫，加上新冠病毒與肺炎鏈球菌，這「3病1菌」將造成多重感染。

疾病管制署今（14）日公布我國2022年10月起的流感季節中，發生第1例流感併發重症死亡病例。疾管署指出，依監測資料顯示，近期國內社區流感病毒活動度上升，檢出以A型H3N2為主，未達流行閾值，另門急診類流感就診人次亦呈上升，且高於2020年及2021年同期，反映類流感及COVID-19疫情共同效應，目前流感併發重症通報尚處低點，上個流感季（2021年10月至2022年9月）則無確定病例。另國際間北半球近2週流感活動漸增，於北美洲已趨近流行閾值，亞洲新加坡及韓國亦有明顯上升，主要流行型別為A型H3N2。