因應近期的本土疫情與臨床公衛情形，疾管署宣布調整確診個案通報後，建議強制隔離治療條件，改為經醫師評估，需要強制隔離時才會隔離。

疾管署表示，美國FDA在相關生物性產品諮詢委員會（VRBPAC）會議後，已提出使用XBB作為疫苗株之建議，且專家顧問在投票時，全數同意應研發XBB1.5的單價疫苗。疾管署目前與莫德納保持聯繫，預計到了秋季，疫苗就能夠面世並抵台。

疾管署16日表示，因應今年的本土登革熱病例，已累計8例，全數居住於台南市，為強化登革熱防治工作，疾病管制署莊人祥署長今日親自南下，會同台南市市長黃偉哲、衛生局長蘇世斌、國家蚊媒傳染病防治研究中心黃旌集博士共同視察。

第4波本土新冠疫情仍處在高峰，XBB變異株已超過7成，預計7月會升至9成，屆時每日感染人數恐接近3萬人。為此，衛福部疾管署署長莊人祥表示，莫德納、BNT等國外藥廠從XBB家族中選定病毒株開發新一代疫苗，國內將採購600至700萬劑，以因應秋冬疫情，最快9月中旬開打，比流感疫苗還要早一點。

疾管署在13日公布國內今（2023）年首例本土登革熱病例，為居住台南市仁德區40多歲女性，6月4日因出現發燒、頭暈及腹痛等症狀就醫後返家，6月7日和10日因症狀持續2度就醫，經醫院通報及採檢送驗後，確診感染第1型登革熱。目前個案已出院返家休養，密切接觸者目前無疑似症狀。

有媒體報導，國內有專家引用衛福部的國人10大死因統計，說明台灣的表示防疫失敗。對此疾管署副署長羅一鈞透過圖卡說明，台灣是成功控制疫情的範例之一。

疾管署在今（13）日宣布新增16例猴痘個案，均為本國籍男性，以新北市新增4例最多，同時日前傳出感染猴痘的4歲男童，在接受治療後恢復快速，已經出院返家，進行自主健康管理。

疾管署今（13）日公布國內近7日（6/7-6/13）每日平均新增245例COVID-19本土確定病例（併發症），與前7日（5/31-6/6）之每日平均新增244例相當；5月起本土併發症累計8,325例，未打滿3劑疫苗有4,092例（約49%），其中又以未曾接種任何一劑疫苗者約70%為多（2,872例）。上週（6/4-6/10）平均每日新增35例死亡，較前一週（5/28-6/3）之每日死亡平均數28例上升；新增死亡個案中，89%具慢性病史、57%未打滿3劑疫苗、95%為60歲以上，現全國疫情處於高點，須持續監測各項指標變化。