中央流行疫情指揮中心在今（17）日宣布新增28,806例本土個案，41例境外移入，53例死亡個案。指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，新增1例MIS-C重症，個案為6歲男童，接種過2劑疫苗，沒有慢性病史，10月初曾確診過，10天後陸續有發燒、紅疹跟腹痛的症狀，急診就檢查出發炎指數升高，懷疑是MIS-C安排住院，經治療後病況穩定，仍在一般病房住院中。

近期新聞熱議，日本政府未認證高端疫苗，未接種3劑高端以外的疫苗將須自費做PCR，引發不滿。前台大醫院感染科醫師林氏璧在FB分享對此事的看法，他認為接種高端者仍可以直接入境，免PCR，因為「未來有可能再也不看接種紀錄」。

中央流行疫情指揮中心在今（16）日新增4萬1481例本土個案、60例境外移入，及187中重症、65例死亡。指揮中心發言人莊人祥表示，今日的病例數較昨（16）日減少1979例，下降4.6%，如與上周日相比則減少2976例，下降6.7%，疫情趨緩中。

邊境在10月13日解封，結束長達939日的封鎖時間；同時中央流行疫情指揮中心在2020年1月20日成立至今剛好第1000天！總統蔡英文、行政院長蘇貞昌前往指揮中心，向防疫同仁致意。蔡英文表示大家辛苦的付出才堆疊台灣的防疫成就。

中央流行疫情指揮中心在今（15）日宣布新增43,478例本土個案，32例境外移入，77例死亡個案。指揮中心表示，中重症中新增1名13歲青少年，本身因罹患神經系統疾病長期臥床，打過2劑疫苗，10月初出現發燒、抽搐、嘔吐症狀就醫，檢查發現左側肺炎、血氧濃度偏低、胃出血，PCR採檢結果為陽性確診，診斷為肺炎併呼吸窘迫，收住加護病房治療。

疾管署在今（14）日公布首例流感重症死亡個案，為90多歲婦女。台大醫院醫師黃立民示警，今年流感流行期提早開始，病毒株為A型H3N2；另外呼吸道融合病毒也正在升溫，加上新冠病毒與肺炎鏈球菌，這「3病1菌」將造成多重感染。

疾病管制署今（14）日公布我國2022年10月起的流感季節中，發生第1例流感併發重症死亡病例。疾管署指出，依監測資料顯示，近期國內社區流感病毒活動度上升，檢出以A型H3N2為主，未達流行閾值，另門急診類流感就診人次亦呈上升，且高於2020年及2021年同期，反映類流感及COVID-19疫情共同效應，目前流感併發重症通報尚處低點，上個流感季（2021年10月至2022年9月）則無確定病例。另國際間北半球近2週流感活動漸增，於北美洲已趨近流行閾值，亞洲新加坡及韓國亦有明顯上升，主要流行型別為A型H3N2。

近期開始接種雙價疫苗，中央流行疫情指揮中心在V-Watch中收集在9月24日到10月10日期間接種追加劑的2662人，觀察他們的副作用等症狀。指揮中心發言人莊人祥表示，這些人最多是接種第4劑（第2劑追加劑），接種人數 1486人 ；第3劑（第1劑追加劑）有900人。性別部分，第3劑以男性偏多，第4與第5劑以女性較多。年齡則是以50到64歲最多，佔45%，其他是18到49歲為52%到58%。