披衣菌尿道炎是非淋菌性尿道炎中最常見的一種，所謂非淋菌性尿道炎Non-gonococcal Urethritis簡稱NGU，原是由淋病雙球菌以外的微生物所引起的尿道炎。披衣菌是介於細菌與病毒間的微生物，它和病毒一樣寄居於人體細胞內生活，在臨床上發病時，非淋菌性尿道炎病原當中，有50%以上是由披衣菌所引起。
聯合醫院昆明院區一般內科醫師黃宗義表示，淋菌性尿道炎中，有60%機率會同時感染披衣菌，其潛伏期約七至十四天，甚至於長達六個星期，在臨床上常有感染淋菌病患雖已接受治療，但仍感覺尿道有些不適，如搔癢、排尿時灼熱感或產生輕微分泌物，這種症狀極可能同時感染披衣菌，因此，無論是感染淋病或非淋菌性尿道炎，診斷時均應考量已被披衣菌感染可能性。
披衣菌感染主要併發尿道炎、睪丸炎、子宮頸炎、女性輸卵管炎及其他症狀，一般女性感染後大部份都是無自覺症狀，尤其淋病、披衣菌子宮頸炎在臨床上不易區分，黃宗義提醒，當懷疑是其中一項感染時，最好同時施以治療披衣菌及淋病。在臨床診斷上，如果抹片檢查中培養不出淋菌雙球菌時，可考慮診斷為非淋菌性尿道炎或子宮頸炎。
披衣菌感染要做披衣菌細胞培養，不宜做一般細菌培養，血清披衣菌抗體濃度測試僅具參考價值，患者是否曾經感染過披衣菌，這個考量在臨床診斷上並無實際幫助。另外也可採集尿液或子宮頸分泌物，利用先進分子生物技術PCR反應，更精準診斷披衣菌尿道炎或子宮頸炎。
黃宗義說，披衣菌尿道炎治療方面，與一般的性傳染疾病治療相同，應注重固定性伴侶，確實每次性行為都正確使用保險套等防護措施，在治療期間，性伴侶的諮詢，必要時同時治療，避免交互感染，給予抗生素治療，以紅黴素及四環素為不錯治療方式，如：Doxycycline、Tetracycline HCL、Erythromycin。
