雖然鼻咽癌與大多數的癌症一樣，真正的致病因素仍不清楚，但醫學界認為下列幾個因素可能與這個疾病有密切的關聯：
．種族遺傳：這是一個十分重要的因素，因為中國人是鼻咽癌發生率最高的民族，此外，家族中有人得鼻咽癌，則近親得到鼻咽癌的機率會比沒有這樣家族史的人高一些。
．環境與飲食：居家或工作的環境不良，常吸入刺激性氣體如甲醛、煙、粉塵、木屑等。此外，常食用不新鮮的食物或醃製品如鹹魚、鹹菜，也可能與鼻咽癌的發生有關。抽煙與喝酒與此疾病並無太多的關聯。
EB病毒(Epstein-Barr，即愛潑斯坦－巴爾病毒)：鼻咽癌細胞內會有一小段EB病毒的基因嵌入正常細胞的基因，而且鼻咽癌病人血清中的EB病毒抗體力價也比一般人高，因此醫學界認為它和鼻咽癌有密切關係，但確實的關聯性仍未明瞭。
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