子宮內膜異位症有很高機率直接或間接導致不孕的狀況。在一般生育年齡女性，子宮內膜異位症的發生率約佔6-10%左右，而在不孕症患者族群中，發生率甚至高達47%，是盛行率非常高的疾病；另外，根據不同的統計數據，在不孕症患者族群中，有卵巢子宮內膜異位瘤（即俗稱巧克力囊腫）的比例佔17～44%不等。
子宮內膜異位症的分期
子宮內膜異位症需要靠手術做確定診斷，而其嚴重程度也根據術中的狀況分成四期 （Stage I~IV）; 美國生殖醫學會發展出的評分標準包含子宮內膜異位病灶在骨盆腔分佈的大小、深度；卵巢囊腫的大小、卵巢及輸卵管沾黏的程度、以及子宮後穹窿是否完全阻塞等。
此評分標準並不見得和臨床症狀的嚴重程度呈正相關，但是可以提供我們作為手術治療以及預測懷孕機率的一個指標。
子宮內膜異位症為什麼會造成不孕？
子宮內膜異位症的確切病因目前仍沒有完全定論，也非單一醫學理論就能概括詮釋；目前比較可能的病生理因素包括月經逆流 、腹膜細胞化生、氧化壓力及發炎反應、免疫功能異常、基因及表基因調控、幹細胞誘導等等。
而子宮內膜異位症造成不孕的機轉則更為複雜，通常為多種因素共同影響。目前已知的機轉列舉如下：
1.子宮內膜異位症的發炎反應造成前列腺素，細胞激素等過度產生；這些異常的激素以及伴隨而來的巨噬細胞等在腹膜液中，影響骨盆腔或生殖器官內的微環境，因而直接或間接地影響受精過程，輸卵管纖毛的運動，以及卵子或胚胎的發育。
2.子宮內膜異位症增加黃體素阻抗，或是內膜黃體素受體減少，進而造成黃體期缺損或是黃體化無排卵性濾泡症候群。
3.子宮內膜異位症伴隨免疫系統異常可能與著床失敗或早期胚胎流產有關。
4.中重度子宮內膜異位症經常伴隨骨盆腔沾黏及解剖構造改變，影響輸卵管抓取卵子功能，甚至輸卵管阻塞或是嚴重水腫；肌腺症可能影響子宮肌肉收縮及精子活動，導致受精及胚胎移行異常或失敗。
子宮內膜異位症與卵巢庫存量
到底是子宮內膜異位症本身造成卵巢庫存量不足呢？還是因為接受手術導致卵巢破壞卵巢庫存量下降呢？ 答案是：兩者皆是！
卵巢巧克力囊腫到底該不該開刀？
